국립대학육성사업의 조직은 총장 아래 국책사업총괄위원회, 사업운영위원회, 대학혁신단이 있습니다. 국책사업총괄위원회는 대학정책사업방향제시, 사업자문 · 조정, 국책사업비중복집행점검을 합니다. 사업운영위원회는 사업운영방향설정, 사업계획수립 및 변경, 예·결산 심의를 합니다. 대학 혁신단은 사업총괄 관리 및 모니터링을 실행하며, 기획처에서는 대학경영 진단평가 시스템을 통해 평가하고, 사업운영위원회로 환류합니다. 대학 혁신단은 자체평가위원회와 사업컨설팅단이 있고, 자체평가위원회에서는 자체평가와 사업수행평가를 하고, 사업컨설팅단에서는 사업을 컨설팅합니다. 대학혁신단은 사업실행을 통해 지역사회에 기여하고, 고등교육의 기회를 확대하며, 특화전략 및 발전모델을 구축하고 지역 및 대학협력 네트워크를 활성화합니다.
- 지역사회기여 : 단과대학/학과, 학생처, 문화체육부, 학생생활관, 도서관, 국제교류원, 지역사회상생센터, 적정기술연구소, 각 센터/연구소
- 고등교육 기회확대 : 학생처, 입학본부, 평생교육원, 국제교류원, 장애학생지원센터, 각 센터/연구소
- 특화전략 및 발전모델 구축 : 단과대학/학과, 대학원, 기획처, 학생처, 산학협력단, 전산정보원, 도서관, 각 센터/연구소
- 지역 및 대학협력 네트워크 활성화 : 단과대학/학과, 대학원, 기획처, 산학협력단, 교육혁신단, 기초융합교육원, 대학혁신단, 지역사회상생센터, 창업지원단, 대학일자리본부, 각 센터/연구소